いつもビルドネタばかりなのでたまには使い方ネタを。
RawTherapee はビルドバージョン（4.0.x の "x" の部分）が更新されるごとに設定を保存するディレクトリの名前が変わります。これは $HOME/.config/RawTherapee4.0.x という名前で作成され、前のバージョンの設定ファイルは引き継がれません。
Finder でこのディレクトリを開く場合は command + shift + g で移動用パネルを表示し、~/.config（もしくはフルパス）と入力します。ターミナルから open コマンドを使って開くこともできます。
以前から RawTherapee を使用している場合は RawTherapee4.0.x というフォルダがいくつかあると思います。そのなかに profiles というフォルダがあり、ユーザープロファイルはそちらに保管されています。（任意のフォルダに保存している場合はそっち）
プロファイルは別の場所で管理してビルドバージョンが変わったらシンボリックリンクを貼り直す、という方が楽だと思います（異なるバージョンの PP3 ファイルの取り扱いはどうなってるかわかりませんが）。
この ~/.config というディレクトリの場所は XDG_CONFIG_HOME という環境変数によって変更することができます。以下のように起動した場合は $HOME/Library/Application Support/RawTherapee/RawTherapee4.0.x が作成されます。
$ XDG_CONFIG_HOME="$HOME/Library/Application Support/RawTherapee" /Applications/RawTherapee.app/Contents/MacOS/rawtherapee
また、画像のキャッシュは ~/.cache にあり、こちらは XDG_CACHE_HOME という環境変数によって変更可能です。こちらもビルドバージョンが変わると名前が変わります。使い方によっては 100MB 前後まで増えているかもしれませんのでアップデートしたら古い方は削除した方がいいかもしれません。
XDG_CONFIG_HOME と XDG_CACHE_HOME はシステムの環境変数に登録することもできますが、他のアプリケーションにも影響するので注意が必要です。
参考：http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html
